La presidència de la Comissió recau en Maxi San Miguel, catedràtic de Física a la Universitat de les Illes Balears (UIB) i director de l'Institut de Física Interdisciplinària i Sistemes Complexos (IFSIC), centre mixt de la UIB i del Consell Superior d'Investigacions Científiques (CSIC).
A banda del president, nou persones més formen part de la Comissió Científica de l'IN3, Scientific Advisory Board (SAB) en anglès. Els membres de la Comissió són els següents:
Madeleine Akrich, Centre de Sociologie de l'Innovation, Mines ParisTech, Sociòloga, directora de recerca (Sociologia i tecnologia)
Carles Antón, director de programes d'R+D, investigador sènior, Centre Tecnològic de Telecomunicacions de Catalunya. (Processament de senyal per a comunicacions)
Jeanette Hofmann, directora del Humboldt Institute for Internet and Society. (Política i internet)
Paola Inverardi, rectora del Gran Sasso Science Institute (GSSI). (Modelització i enginyeria de programari)
Simon Marvin, director del Urban Institute, Universitat de Sheffield. (Estudis urbans i recerca sobre infraestructures)
Roberto di Pietro, professor a la facultat d'Informàtica de la Universitat King Abdullah de Ciència i Tecnologia (KAUST). (Seguretat i privadesa)
Mauricio Resende, investigador principal, Amazon. (Simulació i heurística)
Barbara Schneider, catedràtica i professora distingida de la càtedra John A. Hannah, a la Facultat d'Educació i el Departament de Sociologia de la Universitat Estatal de Michigan. (Gènere i STEM)
Helen Margetts, professora de Societat i Internet, Oxford Internet Institute, Universitat d'Oxford i directora del programa de polítiques públiques, the Alan Turing Institute for Data Science and Artificial Intelligence.
Les activitats a realitzar pels membres del SAB consisteixen a elaborar un informe d'avaluació sobre l'activitat d'un o més grups de l'Institut. El procés d'avaluació inclou la revisió dels informes escrits proporcionats per cada grup, l'entrevista del líder del grup corresponent, una revisió exhaustiva de les avaluacions amb el director de l'IN3 i una sessió de retorn i comentaris abans de l'avaluació final.
Les reunions d'avaluació del SAB es duen a terme cada any a partir de finals del 2017. L'Institut acull actualment deu grups de recerca i cada grup ha de ser avaluat almenys una vegada cada quatre anys. Per tant, de mitjana, s'avaluen entre dos i quatre grups cada any. La participació de cada membre del SAB depèn de les disciplines específiques dels grups a avaluar.
Al marge d'això, el SAB també assessora l'IN3 en el cas de noves incorporacions d'investigadors en els processos de selecció que s'hi obrin. En aquest cas, es demana als membres del SAB que avaluïn els currículums de les persones candidates i que emetin un informe valoratiu sobre la seva adequació a l'Institut.